「遊びに来ませんか　ケーキを焼いて待ってます」ピーチからの手紙に大喜びでキノコ城にかけつけたマリオだったのだが、お城の様子がミョーに変だ。静まりかえっている。と、そこに例のダミ声が！「誰もいません。とっととお帰り を。ガハハハハ！」。またもやクッパのしわざか。しかしお城の中には本当に誰もいない。困ったマリオは、一かバチか、壁に描かれた絵の中に飛び込んでみました。するとどうでしょう。そこにはまったく別の世界が！

ああ、大冒険の始まりだ！
絵の世界のボス敵の額ぶそこうだ。「笑顔あふれた絵描たちが、お城を守るちからの源、パワースターを大量に奪い取り、ピーチ姫やキノコ城の住人たちもこちらの世界に連れふった。そして絵の世界の住人も時間にしたてあげ、本当の世界に送りこんで、マリオたちの国を支配しようとしている」。
奪われたパワースターは、絵の世界のさまざまな場所に隠されているらしい。ぐずぐずしてるな、この世界はクッパ帝国のものになってしまう。さあいは、マリオ！やっぱけたよりになるのは君しかいない。知恵と力とキノコ城の平和を取り戻せ！